オートフィルターの設定されているシートを手作業でフィルター解除するのは手間がかかります.VBA から GetOpenFilename メソッドで複数のブックを指定し,すべてのシートからオートフィルターを解除する方法です.
Option Explicit
Sub RemoveAutoFilter()
Dim Wb As Workbook
Dim Sh As Worksheet
Dim myPath As Variant
Dim i As Long
Application.ScreenUpdating = False
myPath = Application.GetOpenFilename(FileFilter:="Microsoft Excelブック,*.xls?", MultiSelect:=True)
If TypeName(myPath) = "Boolean" Then Exit Sub
For i = LBound(myPath) To UBound(myPath)
Set Wb = Workbooks.Open(myPath(i))
For Each Sh In Wb.Worksheets
If Sh.AutoFilterMode Then
Sh.AutoFilterMode = False
End If
Next Sh
Wb.Save
Wb.Close
Next i
Application.ScreenUpdating = True
End Sub