タグ: JSmol2wp

How to represent molecular model in WordPress?

It’s usual to use WP LaTex in order to describe mathematical formula in WordPress. It’s common to use ChemDraw to describe molecular model in local PC, but I couldn’t find WordPress plug-in to describe them.

　The query is “WordPress”, “chemical structure”, “plugin”. The result was Chemicalize for first, but it wasn’t found in official WordPress plug-in. Then I found JSmol2wp, and installed.

　JSmol2wp express .pdb file. For example, you can find ATP (Wikipedia) and the .pdb file in link of DrugBank. Select all, copy and paste to text editor i.e. TeraPad. Save the file as “ATP.pdb”.

Upload the file in WordPress Dashboard and describe as below. 
















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See following figure.


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WordPressで分子モデルを表現するには

　WordPress で数式を記述するには WP LaTex などのプラグインを使用するのが一般的です．ローカル端末などで分子モデルを記述するには ChemDraw などの高価なソフトが一般的ですが，WordPress で分子モデルを記述するプラグインがなかなか見つかりませんでした．今回調べてみて WordPress で分子モデルを記述するプラグインが見つかったので投稿します．

　Google の検索式は “WordPress”, “chemical structure”, “plugin” の AND 検索です．第 1 位には Chemicalize が出てきましたが，WordPress 公式プラグイン検索では出てきませんでした．第 3 位が JSmol2wp というプラグインで，これは公式の検索で出てきます．良さそうでしたのでインストールしました．

　JSmol2wp は .pdb ファイルを表示するものです．Wikipedia の ATP のページを例に取ると，DrugBank のリンク先に ATP の .pdb ファイルがあります．これをすべて選択して TeraPad などのテキストエディタに貼り付け，ATP.pdb と拡張子を指定して保存します．メモ帳では改行コードに不備があり正常に動作しません．

　WordPress のダッシュボードから ATP.pdb ファイルをアップロードし，下記のコードを記述します．
















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　下図のように表示されます．筆者の環境では 3 段目右端の “BALL AND STICKS” ボタンを押さないと表示されませんでした．


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　なお，.pdb ファイルは PDB や PDBj などのデータベースから検索するのが本筋ですが，候補があまりにも多く絞りきれませんでした．化学を専攻している人ならばこちらのほうが良いと思います．